2018年6月，《江苏科技大学学报（自然科学版）》再次被教育部科技发展中心评为2016年度“中国科技论文在线优秀期刊”二等奖。
“中国科技论文在线优秀期刊”评选旨在更好地贯彻落实十九大精神，促进科技期刊健康发展，提高科技期刊的质量，推动科技期刊的数字化建设，扩大期刊的影响力，促进论文免费共享，建设良好的科研环境，使科技期刊更好地为科研和科研工作者服务。
教育部科技发展中心对截至2016年12月31日已收录在“中国科技论文在线”《科技期刊》栏目的期刊，进行了严格的评审，评选出“中国科技论文在线优秀期刊”一等奖97项，二等奖106项；评选出“中国科技论文在线科技期刊优秀组织单位”49个。